微生物肥料還有一些其它肥料沒(méi)有的特殊作用。
1.提高化肥利用率
隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實(shí)。這說(shuō)明，僅靠大量增施化肥來(lái)提高作物產(chǎn)量是有限的，更何況還有污染環(huán)境等一系列的問(wèn)題。為此各國(guó)科學(xué)家一直在努力探索提高化肥利用率達(dá)到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問(wèn)題上有到的作用。所以，根據(jù)我國(guó)作物種類和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能增產(chǎn)，又減少了化肥使用量，降低成本，同時(shí)還能改善土壤及作物品質(zhì)，減少污染。
2.綠色食品生產(chǎn)
隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對(duì)生活質(zhì)量提高的要求，國(guó)內(nèi)外都在積極發(fā)展綠色農(nóng)業(yè)(生態(tài)有機(jī)農(nóng)業(yè))來(lái)生產(chǎn)安全、的綠色食品。生產(chǎn)綠色食品過(guò)程中要求不用或盡量少用(或使用)化學(xué)肥料、化學(xué)農(nóng)藥和其它化學(xué)物質(zhì)。它要求肥料保護(hù)和促進(jìn)施用對(duì)象生長(zhǎng)和提；其次不造成施用對(duì)象產(chǎn)生和積累有害物質(zhì)；三是對(duì)生態(tài)環(huán)境無(wú)不良影響。微生物肥料基本符合以上三原則。我國(guó)已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農(nóng)產(chǎn)品污染，而且能夠改善農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)。
3.環(huán)保
利用微生物的特定功能分解發(fā)酵城市生活垃圾及農(nóng)牧業(yè)廢棄物而制成微生物肥料是一條經(jīng)濟(jì)可行的有效途徑。已應(yīng)用的主要是兩種方法，一是將大量的城市生活垃圾作為原料經(jīng)處理由工廠直接加工成微生物有機(jī)復(fù)合肥料；二是工廠生產(chǎn)特制微生物肥料(菌種劑)供應(yīng)于堆肥廠(場(chǎng))，再對(duì)各種農(nóng)牧業(yè)物料進(jìn)行堆制，以加快其發(fā)酵過(guò)程，縮短堆肥的周期，同時(shí)還提高堆肥質(zhì)量及成熟度。另外還有將微生物肥料作為土壤凈化劑使用。
4.改良土壤
微生物肥料中有益微生物能產(chǎn)生糖類物質(zhì)，占土壤有機(jī)質(zhì)的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機(jī)膠體結(jié)合在一起，可以改善土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，增強(qiáng)土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質(zhì)形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。


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